Cuando mandas una comilla se envía via POST urlencodeada pero apache lo decodifica procesando solamente los carácteres legitimos, o sea.. eso es parte del protocolo HTTP (vease su RFC) donde el explorador envía el contenido de dos formas... multi part data, o sea en múltiples partes o si no urlencodeada, esto se hace para evitar que cuando ingreses el carácter "&" no se tome como una variable extra sino como parte del contenido a enviar.

por lo tanto ese no es el problema, el problema es que el sistema web debe estar urlencodeando el string una ves recibido o simplemente no tiene inyección, eso pasa muchas veces para resolver algunos problemas de seguridad aunque es una muy mala práctica.

intenta con internet explorer 6, ese explorador envía las comillas simples sin urlencodear xDDDD gracias a que no sigue el standard de HTTP.

en caso contrario prueba con netcat y le mandas la comilla sin urlencodear, igual te la va a aceptar.

si php procesa algo en urlencode entonces es el script y no el servidor ya que se envía bajo el standard de http 1.x, o sea, es un protocolo, no puedes evitarlo a menos que recompiles un servidor web modificando el código fuente, pero de todas formas no es necesario, el servidor al procesar la query en php te la va a tomar sin filtrar.