Todo es codigo, simplemente que mucha gente todavia no descubrio que lo que visual studio hace es simplemente generar codigo a travez de sus diseñadores graficos, para ver en que parte del codigo se establece el icono, simplemente tienes que crear un proyecto de prueba, ponerle el icono, y listo, luego tienes que explorar el contenido de los .designers, o .csproj

O tambien puedes ver este link de como compilar archivos csharp desde linea de comandos.

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms379563%28v=vs.80%29.aspx

Saludos