Hola!
Soy nuevo en el foro (pero no en la programación .net, ojo
) y hasta ahora los temas que he visto me sirvieron mucho.
Se que dicen que si compilas tu proyecto en Mono, que seria un .net framework para linux, no dependera de nada ya que dicen que se puede ejecutar en ambas plataformas Win32 y Linux. El unico problema por lo que se (hace mucho que no escucho de mono) es que mientras estamos en el framework de microsoft la version es 3.5 (2008) y la version de mono es 2.0 (creo, al menos llego a ejecutar codigo de la version 1.1)
Espero que te sirva!!