Hasta donde yo se, tendrías que inyectar un dll que cargue el clr y que este a su vez cargue el managed  assembly que tu quieras, es decir, un proceso que corre una aplicacion en .net siempre será un proceso nativo, pero que está ejecutando el CLR y cargando las liberías del framework, entonces de esa forma, tienes que inyectar ese proceso con tu código y ahí levantar las el entorno administrado..

Saludos!