Hola qué tal?

Dependiendo de la aplicación que hagas y de las carácterísticas que necesites.

Muchas veces he utilizado Sql Server Express es suficiente, otros casos tienes que utilizar sql lite, o tu propio sistema de almacenamiento (no lo recomiendo).

Aqui tienes un cuadro comparativo de las versiones de sql server https://msdn.microsoft.com/library/cc645993.aspx

Tienes un límite de 10GB con la versión express, lo cual está bien. Si necesitas más, o pillas sql lite o en su defecto sql server compact.

No te puedo recomendar más porque son las que he usado tanto "embebidas" como instaladas a mano o con el mismo instalador (es totalmente factible).

Te dejo un listado con bases de datos "embebibles":
https://en.wikipedia.org/wiki/Embedded_database

También he usado este proyecto pero no en producción, sino simplemente haciendo pruebas y toqueteando xD

http://esentserialize.codeplex.com/

C:

Saludos