Como crear un .exe en Visual studio 2010 con permisos de escritura en C:Windows\

¡Hola!...

Parece que tu error se debe a que no estás cerrando el archivo acabado de crear, aquí te dejo un ejemplo de cómo crear un directorio, un archivo de texto y agregarle información a éste.

En C#:

Código

using System.IO;
 
        static void Main(string[] args)
        {
            Directory.CreateDirectory(@"C:\WINDOWS\DirectorioPrueba"); //Creamos el directorio.
            string Archivo = @"C:\WINDOWS\DirectorioPrueba\Archivo.txt"; //Declaramos un nuevo nombre para el archivo de texto.
 
            FileStream FS = new FileStream(Archivo, FileMode.Create, FileAccess.ReadWrite); //Lo creamos con FileStream, pasándo como parámetros FileMode.Create, y FileAccess.ReadWrite para poder leer y escribir datos del archivo.
            FS.Close(); //Luego de crearlo, lo cerramos.
 
            StreamWriter SW = new StreamWriter(Archivo); //Abrimos el archivo de texto con StreamWriter
 
            for (int i = 1; i < 101; i++) //Creamos un bucle.
            {
                SW.WriteLine("Escribiéndo {0} líneas en el archivo de texto.", string.Format("{0:D3}", i)); //Escribimos datos en el archivo de texto.
            }
 
            SW.Write(Environment.NewLine + "Bucle finalizado."); //Finalizamos la escritura de datos.
 
            SW.Close(); //Si no haremos más nada con el, lo cerramos.
        }

En VB.NET:

Código

Imports System.IO
 
     Sub Main()
        Directory.CreateDirectory("C:\WINDOWS\DirectorioPrueba") 'Creamos el directorio.
        Dim Archivo As String = "C:\WINDOWS\DirectorioPrueba\Archivo.txt" 'Declaramos un nuevo nombre para el archivo de texto.
 
        Dim FS As New FileStream(Archivo, FileMode.Create, FileAccess.ReadWrite) 'Lo creamos con FileStream, pasándo como parámetros FileMode.Create, y FileAccess.ReadWrite para poder leer y escribir datos del archivo.
        FS.Close() 'Luego de crearlo, lo cerramos.
 
        Dim SW As New StreamWriter(Archivo) 'Abrimos el archivo de texto con StreamWriter
 
        For i As Integer = 1 To 100 'Creamos un bucle.
            SW.WriteLine("Escribiéndo {0} líneas en el archivo de texto.", String.Format("{0:D3}", i)) 'Escribimos datos en el archivo de texto.
        Next
 
        SW.Write(Environment.NewLine & "Bucle finalizado.") 'Finalizamos la escritura de datos.
 
        SW.Close() 'Si no haremos más nada con el, lo cerramos.
    End Sub

Publico dos códigos porque no especificaste el lenguaje.

Como notas, al momento de crear el archivo, lo cierro con FS.Close(); y al momento de agregarle información también lo cierro con SW.Close();. Creo que tu problema se debía a que no lo estabas haciendo.

Espero sea útil.

Gruß.