De tantos tipos de medios distintos es dificil que haya algun programa que los puede eliminar de todos ellos. Yo por ejemplo conozco el abcAVI Tag Editor pero me parece que solo sirve para los avi. Tal vez para otros tipos de medios haya otros programas similares pero quien sabe, as una busqueda en google a ver si sale algo aunque la verdad lo dudo mucho.
Saludos...

Songoku

El tipo de metadatos Exif solamente está en imagenes, y los dos que has mencionado solo trabajan con exif.
De todas formas gracias por intentarlo.

Gracias songoku, tienes razon son muchos tipos de formato, pero algo es algo, prefiero tener 1 para cada tipo de formato, que no tener ninguno xD

Creo que quizás el mkvtoolnix me sirva para los mkv y el yamb para los mp4, tsmuxer para los m2ts, pero no se aun tengo que probarlos
a ver si encuentro todo lo necesario y lo comento para los demás.

saludos