El TMPGEnc DVD Autor soporta los 6 canales.
Si tienes un avi con el audio ac3 5.1 (por ejemplo), tendrías que extraer el audio en ac3 con el Virtualdumod, pasar la peli a mpg (ya que el DVD Author solo soporta mpg o VOB tambien) y cuando cargas la peli, le tendrias que cargar el audio que extrajiste en ac3.

Saludos