No se como son esos cuadritos q dices, pero m imagino como pueden ser...
Creo q eso es imposible kitarlo ya q es un error del video al comprimirlo con el encoder q se haya usado...
Otra cosa seria si tuvieras el video original sin "daños" q con usar otro encoder o cambierle su configuracion seria suficiente para q el video t saliera bien, pero si solo dispones del dañado...

Saludos.

Sourraund.