Lo más importante que debes saber es que no tomes como concepto primordial el IDE a menos que uses intensivamente las apis del ide y el ide no tiene nada que ver con las decisiones que tomes y menos con la arquitectura

No quiero caer pesado (en realidad casi siempre caigo pesado) pero las 3 capas no son exclusividad de .net estas confundiendo conceptos es mas puedes usar 3 capas mesclando .met con java o hacer las combinaciones mas raras que quieras las 3 capas solo quiere decir que una parte de un sistema se ocupa del acceso a datos la otra se ocupa de la lógica del negocio y la otra de la vista como lo hagan y que tecnologías usen esta fuera del tema

Si alguna vez usaste 3 capas en .net pues as exactamente lo mismo en java si tienes alguna inquietud de cómo hacer tal cosa que podías en .net pero no sabes cómo hacerlo en java no dudes en preguntar ya que esos son los lenguajes de "moda" y estoy seguro que muchos pueden ayudarte

Lo más importante que debes saber incluso tan importante como que arquitectura usar es que sepas lo que es el principio solid y como se aplica al lenguaje que uses