package microproyecto.li;
import java.io.*;
import java.util.*;
public class ManagerArchivoFactura{
   public void saveFactura(Object obj)throws IOException{
      ObjectOutputStream out=null;
      File f=new File("Factura.dat");      
      try{
         out=new ObjectOutputStream(new FileOutputStream(f));
         out.writeObject(obj);
      }finally{
         if(out!=null)
         out.close();
      }
   }
   public Map readFactura()throws Exception, ClassNotFoundException{
      File f=new File("Factura.dat");
      ObjectInputStream in=null;
      Map mapa=null;
      try{
         if(f.exists()){
            in=new ObjectInputStream(new FileInputStream(f));
            mapa=(Map)in.readObject();
         }
      }finally{
         if(in!=null)
         in.close();
      }
      return mapa;
   }
}

Es como si le dijeras: "crea un archivo y reemplaza el anterior". Lo que debes hacer es añadir más datos...