Prácticamente tienen la misma funcionalidad. A mi, personalmente, me gusta usar BufferedReader por el tema de poder leer una línea completa en una sola orden.

Si te fijas en la documentación de las dos clases:

http://download.oracle.com/javase/1.4.2/docs/api/java/io/FileReader.html
http://download.oracle.com/javase/1.4.2/docs/api/java/io/BufferedReader.html

FileReader hereda de InputStreamReader que a su vez hereda de Reader. Ésta última es común tanto para FileReader como para BufferedReader.

La mayor diferencia que existe entre las dos es que con BufferedReader puedes pasarle cualquier subclase de Reader como parámetro en el constructor. Por ejemplo, para leer de teclado es bastante útil. Sin embargo, por lo que veo en la documentación, con FileReader es más orientado a la lectura de ficheros únicamente y no a un flujo de entrada. Aunque con FileReader creo que también sería posible leer de teclado (por el constructor que se le pasa un descriptor ya que podría pasarsele el descriptor de la entrada estandar) lo veo más comodo con BufferedReader.

Espero que te sirva para algo.

Un saludo.