Tengo por ejemplo un titulo y abajo un panel que aparece y desaparece al apretar un boton, ni bien arranca el programa el titulo aparece en otra posicion y cuando aparece el panel la cambia, no hay manera de dejar esto fijo?

Título de qué componente? jlayer?
mosca con los anchor de cada componente, si la ventana queda en el mismo tamaño que como la estabas creando no se te va a modificar nada pero si la maximisas sí, ahí es cuando tienes que jugar con cada componente y en la parte de diseño darle a botón derecho sobre cada componente y revisa el auto-resizing y el anchor. Te darás cuenta! saludos!

Yo al menos no lo entiendo muy bien. Además vendría muy bien sí posteases parte del código donde tú crees que está el problema, o podrías explicar como has ido haciendo las cosas.

Sí posteas algo más concreto y puedo ayudarte, dalo por hecho 

Saludos.