Precisamente poner ceros, para indicar presencia, es un error... el '0' debe inbdicar 'ausencia, esto es 'AGUA', y cualquier otro valor 'un objeto' (incluso tierra)

Si tienes un submarino, por ejemplo desde D5 hasta D9, pués (también por ejemplo) pones D5=6, D6=6, D7=6, D8=6, D9=6, así los submarinos (internamente) los reconoces por el valor 6, las fragatas con 2, un portaviones con 7, un destructor con 5, etc....
Ejemplo de un mapa:


    0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
   -----------------------
A | 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
B | 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
C | 7 5 5 5 5 5 0 0 0 0
D | 7 0 0 0 6 6 6 6 6 6 <--- aquí el submarino (pero hay más barcos en el mapa)
E | 7 0 0 2 2 2 2 0 0 0
F | 7 0 3 3 3 3 0 0 0 0
G | 7 0 3 0 0 4 0 0 0 0
H | 7 0 3 0 0 4 0 0 0 0
I | 7 0 0 0 0 4 0 0 0 2
J | 7 0 0 0 0 4 3 3 3 2


Por último fíjate que el valor númérico al mismo tiempo indica el 'tamaño' del barco. Si ocupa 2  casillas d elargo, el valor será 2, si ocupa 4 de largo, usará el valor 4. Esto es útil para distinguir por ejemplo, dos buques de 2 casillas con respecto a uno de 4, o dos de 3 con respecto de 1 de 6 (o 3 de dos). Incluso haciendo esquina uno de 3 con otro de 3, podría parecer (al adversdario) que se trata de uno de 2 y uno de 4)...

Si un mapa fuera tan gigante como 300 casillas, podría no ser necesariamente cuadrado (rectángular), y podrías rellenar como 'tierra' con valor 9.... Así el mapa de 'agua' de cada jugador tendría una forma irregular (incluso islotes). Basta acordar la misma cantidad de casillas 'tierra'.