ventana.dispose();

Puedes implementar en tu clase WindowListener

Seteas DO_NOTHING_ON_CLOSE (hacer nada al cerrar) para poder manejar lo que se hara al cerrar la ventana, por defecto es System.exit(0), pero puedes cambiar a ventana.dispose();

Ejemplo:

 
JFrame ventana=new JFrame();
 
ventana.setDefaultCloseOperation(JFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 
ventana.addWindowListener(new WindowListener(){
 
//debes escribir tambien el resto de los metodos que hay
 
public void windowClosing(WindowEvent evt){
ventana.dispose();
}
 
});
 
//ventana.bla_bla();
 
 

Saludos