Bien, tengo que hacer una practica en la que tengo casi todo hecho (creo, y a mi manera porque es mi segunda practica con java xD) en la que tengo lo siguiente ahora mismo :

Por un lado la clase Punto

/**
 * La clase Punto modela a un punto en el plano
 * @author 
 * @version 1.0
 */
public class Punto {
	/* Definimos los atributos del punto */
	/** Coordenada X del punto. atributo de tipo int, que representa números enteros */
	private int x;
	/** Coordenada Y del punto */
	private int y;
 
	/* definición de métodos del punto */
	/** Construye un punto a partir de sus coordenadas
	 * @param coordX es la coordenada x del nuevo punto
	 * @param coordY es la coordenada y del nuevo punto
	 */
	public Punto(int coordX, int coordY) {
		x= coordX;
		y= coordY;
	}
 
	/** Imprime por pantalla la situación del punto */
	public void mostrarSituacion() {
		System.out.println("Punto ("+x+","+y+")");
	}
}
 

Por otro la clase Circulo

/**
 * Modela un circulo a partir de su centro y su radio
 * @author 
 * @version 1.0
 */
 class Circulo {
 	/* Definición de atributos del círculo */
	/** Centro */
	private Punto centro;
	/** Radio */
	private int radio;
	/** Color */
	private int color;
 
 
 
 
 
	/* Definición de métodos del círculo */
	/** Construye un círculo a partir de su centro y su radio
	 * @param cnt es el centro del triángulo
	 * @param rad es el radio del círculo
	 */
	public Circulo(Punto cnt, int rad, int clr) {
		centro = cnt;
		radio = rad;
		color = clr;
	}
	public Circulo(Punto cnt, int rad) {
		centro = cnt;
		radio = rad;
		color = 0;
	}
 
	public  Circulo crearCirculo(Punto p) {
	   centro = p;
		return this;
 
	}
 
	/** dibuja el círculo en pantalla */
	public void mostrarSituacion () {
		System.out.println("Este círculo se define por:");
		System.out.println("Un centro:");
		centro.mostrarSituacion();
		System.out.println("Y un radio:"+radio+"");
		System.out.println("su color:"+color+"");
 
	}
 
 
}
 

Y por ultimo el programa para trabajar con esa clase circulo

/**
 * Programa que ilustra el manejo de objetos Circulo
 * @author 
 * @version 1.0
 */
class PruebaCirculo {
	public static void main(String args[]) {
		/* creamos un punto que sera el centro del circulo */
		Punto cnt = new Punto (1,1);
 
 
		/* ...y le damos un valor al radio */
		int rad = 3;
		/* ...creamos el circulo */
		Circulo c1 = new Circulo(cnt, rad, 2);
		Circulo c2 = new Circulo(cnt, rad);
		Circulo c3 = new Circulo(new Punto(-1,-1),2);
		Circulo c4 = c3.crearCirculo(new Punto (3,1));
		/*y dibujamos el circulo */
        c3.mostrarSituacion();
	c4.mostrarSituacion();
 
	}
}

Bien, el problema ocurre cuando lo ejecuto, en c3 en vez de mostrar que su centro es (-1,-1) se muestra el centro de c4.C4, funciona bien...
La verdad es q llevo bastante rompiendome la cabeza y no se me ocurre como arreglar esto, llevo bastante poco trabajando con java creo que se nota X-D.

Bueno, muchas gracias de antemano.

Yo creo que el fallo esta mas bien cuando escribe:

Circulo c4 = c3.crearCirculo(new Punto (3,1));

Ahi lo que esta haciendo es Crear un nuevo circulo en la variable c3 y luego iguala c4 a esa nueva c3.