Expondre mi problema a ver si alguien me puede ayudar pues es algo bastante raro.

Tengo un portatil como servidor que tiene instalado sobre ubuntu10.10 entre otras cosas apache2 ,tomcat 6.0.28 y mysql5.

Para Java uso en otro ordenador tambien sobre ubuntu10.10(64 bits) Netbeans 6.9.1 con el tomcat 6.0.26 integrado para probar las aplicaciones.

Los dos tienen la ultima version de jre, la 1.6.0_24.

Creo una aplicacion, genero proyecto y ejecuto desde Netbeans y funciona perfectamente con la ruta de la red de casa
jdbc:mysql://192.168.1.100:3306/ciudoteca
o con la ruta desde fuera
jdbc:mysql://ruta-para-llegar-desde-internet:puertoabierto/ciudoteca.

Entonces cambio la ruta para desplegarlo en el servidor y la dejo asi :
jdbc:mysql://localhost:3306/ciudoteca.
Y se acabo el tatachum ,ya no funciona. La aplicacion va bien pero cuando tiene que leer datos de la BBDD no lo hace y saca todo nulls.

He probado todo lo que se me ha ocurrido o he podido encontrar por SanGoogle pero nada.

Un saludo y gracias a todos por su tiempo