si. mira, tienes que hacer un formulario mas o menos asi:
<form method="get" action="descargas.php">
<input type="hidden" name="direccion" value="direccion_del_programa.exe">
<input type="submit" value="Bajar Programa.exe">
</form>
y en descargas.php pones:
<?
$direc=$_GET['direccion'];
$file=file("contador_".$direc);
if($file[0]!=""){
$numero=$file[0][0]+1;
} else $numero=0;
$fp=fopen("contador_".$direc,"w");
fwrite($fp,$numero);
fclose($fp);
?>
no he comprobado si funciona, pero creo que está bien.
saludos.cokeing