Pues casi puedes hacer la auditoría entera ya que te pueden intentar entrar al servidor de mil maneras. Si quieres seguir un orden te recomiendo:
1) Footprinting: puedes omitir la búsqueda de info pq ya sabes cual es tu servidor
2) Fingerprinting: Pasale el NMAP, para ver que puertos te saca, y si es capaz de obtener el sistema operativo y versión.
3) Ataques Web: Verifica que filtras bien caracteres tipicos que se usan en las inyecciones de sql, xss, blind, ..., parametrizando bien todas las variables.
4) Búsqueda de vulnerabilidades: Pasale algún scaner como Nessus, GFI, Retina (como te ha dicho Kamsky, el mas recomendable es Nessus, para empezar pq es gratuito

aunque nunca hay que fiarse de uno solo)
Y poco mas, si pasa todas las pruebas tendrás el server bien securizado, como ya te han dicho echa un vistazo a las chinchetas que profundizan mucho mas en cada parte
saludos!!