Lo ideal sería montar la partición de Windows desde un sistema Linux, de esta forma no tendrías ningún problema.

Otro modo (no tan bueno y bastante obsoleto), es creando un disquete de arranque (al formatear marcas la casilla de "crear disco de arranque").
Con el disquete insertado, reinicias y tendrás una consola de cmd.

Pero como dices que ya tienes una consola con privilegios, lo demás es pan comido. Con los comandos copy, xcopy debería ser
suficiente para copiar el SAM.

Te recomiendo que leas algo sobre el manejo de la consola de Windows.