Suponiendo que hablas de windows.
Buenas, mira, vos queres ocultar uno en particular, eso realmente, estimo que te lo tiene que permitir el programa en si.
pero si no tenes problema en que no vea ninguno podes probar esto:
Vas al Editor de Registro: Inicio/Ejecutar/regedit
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
en el Panel derecho, crear un Nuevo Valor DWORD llamado NoTrayItemsDisplay
y poner el Dato a 1
Reiniciar
ahi vas a tener todos ocultos, no me acuerdo bien en que version de windows lo probe, pero me funciono.
Y la otra es que si el tema es para vos, podes en las propiedades hacer que los iconos inactivos, se oculten, y personalizar que el que vos queres en particular este siempre oculto, pero mas que ocultacion, es no estar a simple vista, ya que dandole al boton que te aparece en el tray apareceran todos los iconos, inclusive el que vos queres ocultar.
Un saludo y espero que te sirva, sino, vas a tener que googlear

JaB