No he entendido realmente lo que quieres, sobre el tema te doy una explicacion muy global y adaptada a tu simple curiosidad y si no googlea

Sobre lo que has pegado de las PCI no lo he leido.

Hablando de la bios, (modo kernel he infeccion del boot etc.. ), pues veras hay diferentes tecnicas como puede ser crear vectores a interrupciones para ejecutar codigo  cargado en memoria, lectura antes de que llegue a la irq. Respecto a modificaciones en la bios hasta donde yo se he probado y leido las modificiones que se harian serian o ya bien a nivel configuracion ( configuracion de arranca tal disco primero, etc... etc.. ) y cambiar interrupciones, hook o crear vectores. Otra cosa "no" seria modificable, en caso contrario dudo de su compatiblidad etc.... Aunque como escribieron en un post que hay por ahi joder el firmware.

Espero que te sirva y cualquier duda ya sabes