Flash en Ubuntu 64bits tiene algunos problemas, yo sufría del mismo bug cuando usaba Ubuntu 64bits, ahora con la versión de 32bits no me pasa. La verdad, nunca llegué ni a intentar solucionarlo (tenía un problema con la placa de red que me tenía bastante ocupado), y en la versión de 32bits flash anda perfecto.

Ubuntu 64bits utiliza el plugin de 32bits, ya que la versión de 64bits aún no tiene un release estable. Sin embargo, podrías probar de instalar la versión beta de este plugin, para ello, tenés que correr primero el siguiente comando desde la consola:

sudo add-apt-repository ppa:sevenmachines/flash

Con esto, estas agregando el siguiente ppa a tu lista de repositorios: https://launchpad.net/~sevenmachines/+archive/flash

Una vez agregado el repositorio, actualizamos la lista de paquetes y por último procedemos a instalar el plugin de flash para 64bits:

sudo apt-get update
sudo apt-get install flashplugin64-installer

Despues de instalar el plugin, reiniciá firefox, de todas formas, si no necesitas utilizar un sistema operativo de 64bits, te recomendaría que instales Ubuntu de 32bits.

Suerte!

Podrías probar gnash, la verdad nunca lo usé y espero que html5 se haga popular asi nos despreocupamos de los problemas que traen los plugins de flash

Bien después de pasados unos días y realizar las pruebas respectivas con versión Flash en 64 Bits, todo ha ido de maravilla y el bug que antes se presentaba ya no se presenta más, además ahora puedo hacer click secundario sobre las partes que están contruidas en flash como los Banners situación que antes producia un Cuelgue del navegador.

Así que esto queda solucionado y cerrado