Bien ! otra actualización de Ubuntu fallada (si me pagasen por cada una de estas ... )
Cometiste un groso error al formatear la unidad como ext4, normalmente cuando un sistema de archivos se daña y se quiere usar alguna herramienta de análisis para recuperar archivos, lo primero que se hace es sacarle una imagen o usarlo tal cual está en read only para no agregar más daño todavía. (se parte de la premisa de que cualquier operación de escritura se considera daño)

Esta sintomática huele mucho a un superblock dañado (algo que varios compañeros experimentaron y no sé si es tu caso), cosa que es fácil de reparar, pero no sé si después de un formateo ...
El problema tiene que ver con que si instalaste un sistema sobre esa partición recuperada o recuperaste sobre esa partición, en ambos casos le hiciste muchísimo daño y disminuiste las posibilidades de recuperar más archivos...

Saludos.

P.S: los programas de recuperación te recuperan lo que pueden, sobre eso podés filtrar cosas que no te interesen, pero no podés indicar "recuperame todo el /home" y esperar que con su escudo y caballo lo hagan de forma impecable como si nada hubiese pasado... pero sí podés poner filtros para recuperar cosas que habían en el home e ignorar el resto ... eso si es que se logran recuperar esas cosas =/