Nope. Al menos yo virus lo descarto totalmente, no porque no existan unos cuantos para Linux porque existen, pero el tipo de virus que existen (y que no esta tan expandido en la red como para infectarte) son generalmente, troyanos o accesos shells pero no archivos fisicos que van corrompiendo librerias y mas archivos.. en Linux/Unix los pocos virus que existen no suelen ser asi me consta, son mas para proveer acceso shell remota a un usuario y que este se conecte y haga lo que va a hacer en tu PC, pero para que esto proceda, deberia volarse cualquier restriccion o firewall que tengas en tu red, ya sea controlada por reglas iptables o con un dispositivo fisico como un PIX    por  ende yo descarto que esto sea motivos de virus, calmado tu por ese lado.

Las razones de antemano pueden ser muchisimas, puedo renombrarte como un ISO mal instalado, o problemas con el kernel y tu hardware (conflictos IRQ por ejemplo), mala configuracion de algun dispositivo en Suse cuando tu hardware dispone de otro... etc.

Pero descarta totalmente la idea de que todo esto fue causa de un virus chico 

Pues chico.. tienes un bug que reportar          (Aunque de verdad me sorprende sobremanera que jdk sea quien te ocasione todos estos males.... ) La unica posibilidad que se me ocurriria es que por algun modo este paquetin ejecute (que no suele pasar) alguna maquina java de fondo y te consuma tantos recursos de ram, que algun que otro proceso que requiera X cantidad de ram se quede corto... y por ende no funcione (Eso explicara las fallas con zypper, dolphin, etc). Pero, son solo suposiciones mias 

Otra cosa fuese que las aplicaciones que ejecutas en algun punto dependan de una libreria que dependa de java... y al permanencer estas librerias no actualizadas sino linkeando a una version java mas antigua.. pase lo que pasa. Pero es otra suposicion,..

Te recomendaria que reportes este problema porque pasaria a ser un bug a la comunidad de opensuse, para que esten al tanto he intenten resolver este inconveniente para que a mas personas no les ocurra algo similar.