Hola, recientemente le he puesto otro disco duro a mi pc. Ambos discos son SATA.

El que tenia es de 500gb y tiene como SO windows 7
El que he instalado es de 250 y a este es al que quiero instalar linux Debian.

El caso es que en anteriores ocasiones he instalado varias distros pero particionando solo 1 disco. Vamos que se como se hace de esa forma.
Pero instalar dos SO, en un pc y cada SO en un disco, pudiendo elegir luego desde grub 2 con que SO iniciar......
Que hay que hacer en la instalación para hecerlo así?

Entonces no pasa nada, le indico el disco duro donde quiero que se instale y listo. Linux supongo que detectará en otro disco que hay un windows instalado y que se necesitará un gestor de arranque grub2. O como en alguna distro me preguntará si quiero instalar grub.
La duda que me queda si lo hago así, entonces en que disco se sobrescribe el arranque, en el de windows o en el otro?

Ademas si tuviera algun problema solo abres debian y vas a /etc/grub.d/40_custom y escribes:
 

En menuentry pones el nombre de como se va a mostrar en el menu de grub2, en set root el disco o particion del disco se encuentra y eso es todo