¿tu sabes algun link donde venga explicado que contiene cada carpeta de linux?
Claro, salen muchos links en google cuando en busquedad colocas 'jerarquia directorios linux' por ejemplo:
http://fedaikyn.blogspot.es/muy buena tu reespuesta... pero una cosa, osea ubuntu si tu haces apt-get install sslstrip por poner un ejemplo, el ya sabe donde instalarlo y como hacerlo, o tu tienes q decirle donde va, o asignarle una carpeta¿?¡
Tranquilo, el paquete como tal sabe donde debe instalarse (esto no lo decide apt-get, sino el paquete precompilado) no tienes que tener miedo de que vaya a perderse o irse donde no debe

son como los paquetes de cualquier sistema operativo, saben la ruta donde deben instalarse. Ahora aveces te descargas fuentes a compilar de paquetes donde tienes que hacer el trabajo tu manualmente, entonces ahi si tu no le especificas un directorio con el parametro prefix es bastante comun que te mande a instalar todo a /usr/local colocando el ejecutable en /usr/local/bin el archivo de configuracion en /usr/local/etc las librerias en /usr/local/lib para asi no mezclar este software extranio con los directorios de tu sistema y mantenerlo limpio

en el caso de apt-get como son precompilados de tu distribucion especificamente, estos paquetitos se instalan en rutas de carpetas del sistema /usr/bin, /etc, /usr/lib en fin....
No se indicarte si apt-get posee o no alguna forma de personalizar tu la ruta de instalacion de un precompilado, fijate en los parametros que le puedas pasar haber si es posible, pero en este punto no puedo ayudarte ya que no dispongo de un Linux que use dicho gestor.