Es posible que te haya instalado otra versión del xserver. Lo más seguro es que ahora, en vez de estar usando xFree86, uses Xorg, que es más moderno e incorpora las novedades del servidor X. Para configurar el ratón, prueba


Desde ahí puedes configurar la configuración de tu sistema gráfico (las X). Te irán saliendo preguntas acerca de tu hardware. Deja todo lo que te funcione tal como está.
Échale un vistazo a la configuración del ratón: Xorg te permite autodetectarlo, normalmente todo va bien si sigues esa opción. A mí el que me funciona es /dev/input/mice.

Si el comando te tira un error, lo más seguro es que no tengas Xorg. Entonces es que estás corriendo aún xFree86. En ese caso prueba


Y sigue los pasos que te dije 

Suerte!

Si el comando para el Xorg (dpkg-reconfigure xserver-xorg) te funciona, no es necesario que pruebes el de XFree86. Eso significa que estás usando Xorg. Usas un ratón inalámbrico? óptico? de qué marca es?

Dices que antes te funcionaba. Eso puede deberse a lo que te dije antes, que ahora uses xorg en vez de xfree86 y éste no te funcione, aunque me parece un poco raro. O sea que no te asustes, en el peor de los casos con que vuelvas a instalar XFree86 estará todo solucionado (o eso creo).

Saludos!

deberia estar en /dev/input/xx

No recuerdo con que nombre toma un mouse óptico, pero verifica el nombre por ahi en google..