Mira, todo programa para linux es gratuito, hay que son opensource y quizá hay que no lo són. Yo parto que quieres algo gratuito.

Aquí te dejo un PDF, que es una revista de electrónica (ezine) que habla toda ella de programas para realizar simulaciónes de circuitos. Te presenta los programas con su descripción, así podrás ver justamente cual necesitas ya que hay programas mas generales y programas que realizan tareas más concretas.

Revista Investigación y educación "Herramientas de simulación de circuitos para LINUX"