Desde un sistema operativo linux (o un live cd) puedes ejecutar el comando dd que crea una imagen bit a bit de la llave usb y luego ese mismo comando te sirve ara grabar la imagen en otra llave usb. La forma seria asi:

Con este se crea la imagen de la llave usb (supuestamente ubicada en /media/usbdisk) y se guarda en el archivo /home/usb.


Luego para restaurarla en otra llave usb (ubicada en /media/usb2):


Asi se podria hacer con facilidad en linux. En un entorno window sno se decirte como hacerlo.