Yo salvé la carpeta de Mozilla que hay en Archivos de Programa y no perdí ni los marcadores,ni las extensiones ni la configuración,y aunque creo quen o es necesario pero por si acaso también salvé la carpeta de Mozilla firefox que hay en Archivos de Programa

Otra alternativa es instalar la extensión FEBE,que te guarda un backup de todo lo que quieras del firefox,aunque lo que yo hice fue lo primero,y me funcionó

Aún más sencillo:

Menú Marcadores -> Administrar Marcadores -> Archivo -> Exportar...