Por lo que dices supongo que la ventana que te aparece y desaparece sera una ventana del shell de comandos como te dice Isirius, para que no se te cierre la ventana cuando termine, te vas a las propiedades del archivo y en la pestaña de programa quitas la señal de cerrar al terminar, si ese es el problema esa deberia ser la solución además de la que te ha dado Isirius. Espero que te sirva.
