e visto en otro post que lo que tengo que hacer es configuar mi router para que todas la peticiones que vayan al puerto en el que esta mi ftp se dirijan a mi ip interna
Tu me lees?

Asegurate de redireccionar el puerto del ftp en el router a la ip de tu ordenador mediante nat
no te tienes que ir a otro post ya te lo hemos dicho aqui. Pero me alegra saber que usas el boton de buscar.
1- si al hacer esto tengo otro programa que corra por el mismo puerto que mi ftp no se "estropeara" mi otro programa
Puedes cambiar en el servidor el puerto que usa el ftp.
2-el serv -u 2.5 que en hackxcrack te enseñan a convertirlo a troyano no te sirve de nada ya que habria que cambiar la configuracion de su router
y si tiene firewall que? a ver si te crees que los troyanos son magicos. Hay mucha gente que tiene conexion dirtecta a internet y no tiene router, ademas el router no usa nat al hacer la conexion inversa, pero eso es otra historia.