NTFS es especialmente diseñado para Windows nt ,es mucho más robusto, soporta nombres de archivo en formato Unicode, provee mayor seguridad, compresión y cifrado. Su principal desventaja es que sólo puede ser leído desde Windows NT, 2000 o XP, p. ej. No puedes usar un disco de arranque de DOS y acceder a los datos almacenados en formato NTFS.También soporta compresión nativa de ficheros y cifrado (esto último sólo a partir de Windows 2000)
NTFS permite definir el tamaño del cluster, a partir de 512 bytes (tamaño mínimo de un sector) de forma independiente al tamaño de la partición.
Es un sistema adecuado para las particiones de gran tamaño requeridas en estaciones de trabajo de alto rendimiento y servidores. Puede manejar discos de hasta 2 Terabytes.
NTFS soporta archivos con tamaños superiores a 263 bytes. Particiones con NTFS pueden tener más de 263 clusters y cada cluster puede ser de un tamaño superior a 64KiloBytes. Esto le da a NTFS un límite superior de aproximadamente 500 trillones de GigaBytes
para convertir fat32 a ntfs tenemos el comando
convert x: /fs:ntfs
para convertir ntfs a fat32 necesitamos de software como el partition magic
no estoy seguro de esta afirmacion pero en linux puedes montar particiones en fat32 y me parece que no se puede hacer lo mismo con NTFS