Cuando le das al enlace del archivo que quieres descargar, se te abre una nueva ventana con el megaupload.

En esa misma ventana, en la parte superior izquierda de la ventana, justo a la derecha de donde pone Megaupload en grande, te pide que introduzcas 3 carácteres. Ahi los marcas y le das al botón de Download.

Entonces, esperas unos segundos, y cuando hayan pasado, en la misma zona de antes te saldrá algo como...Haz clic para iniciar descarga, algo así. Clicas, y listo! 

Espero haberme explicado bien y haber aclarado tu duda.