¿Y para qué?
En mi opinión, si tener un sólo Windows ya es un craso error, pues dos ni te cuento....

No en serio, lo único que debes hacer es decirle al instalador en cual de los dos discos quieres instalar el SO. Y cuando termine, pues vuelves a ejecutar el instalador y ahora le dices que en el otro HDD.
De todas formas, sigo diciendo que es un desperdicio de disco, instalar dos veces el SO.