Yo usaba de guia diagramas de flujo/estructuras de un programa, yo sin un framework soy muy desordenado, poco eficiente 

COmo bien dicen los compañeros uno como programador suele ser de animo arbitrario, y empezar a desarrollar a los chapuzones...pero por lo general yo lo hago asi:

1. Maquetar con Photoshop la web para el cliente
2. Hacer el levantamiento de requerimientos
   (si es que el cliente no entrego un brochure o brief de requerimientos)
3. segun se analizo usar html5 con CSS3 puro , o si el proyecto lo amerita
    algun framework.

A mi me recomendaron empezar con Yii framework, hay ando dandome paluzas con el.

Para maquetar la web: el mejor programa para maquetar DIV's y CSS que me he encontrado es el Microsoft Web expression, me ha ido muy bien con el.

Para desarrollar: Notepad ++

http://www.mockflow.com/ y https://gomockingbird.com/ son dos buenos ejemplos sobre wireframes, si no queremos recurrir al lapiz y papel.

Y desde dribbble.com podes ver algunos ejemplos de como lo aplican 
http://dribbble.com/search?q=wireframe&x=0&y=0