No entiendo bien lo que quieres hacer. Pero puedes modificar el contenido de un div con la propiedad innerhtml pero nunca lo he probado pero deberia funcionar.

Puedes hacer una peticion por medio de ajax a una pagina en php que este hecha para devolver la hora y luego cuando lo recibas por medio de javascript y el innerhtml pues actualizas el contenido del div.

Aun no tengo 100% claro si hay que hacer algo apesar de modificar innerhtml porque tambien estoy empesando en Ajax.