Los navegadores traducen ese código a lo que nosotros vemos, lo convierten en gráficos y tal.

El código es el que le manda el servidor. Si nuestro navegador puede ver ese código, entonces, significa que lo tenemos guardado en nuestra PC. Y lo que está en nuestra PC, lo podemos ver/leer.

A las otras preguntas no tengo mucha idea.
¿Cifrar? ¿Te refieres a ofuscar el código? Normalmente no lo hacen, no tiene mucho sentido, ya que nos lo va a mostrar el navegador. Lo que sí, el PHP por ejemplo, no lo podemos ver, ya que el PHP cambia el HTML desde el lado del servidor, y nos lo envía ya modificado.
Acerca de Windows, no es código abierto, pero es posible que si se haya descubierto el código, ya sea por filtraciones, o por otra cosa (xD). Pero lo dicho, "algún" Windows.