Se que este tema es viejo, pero, creo que para eso te podría servir el ntfsdecrypt que viene con ntfsprogs. Pero, según esto, se debe tener un fichero .pfx con una clave para que funcione. Ademas, también he leído que esto solo funciona con Linux y que hay que compilarlo (de otra forma la utilidad ntfsdecrypt no esta incluida con el ntfsprogs), aunque, si quieres compilarlo bajo Windows, puedes probar con el Cygwin.

Viendo post viejos en este mismo subforo me encontré con una pequeña recopilación de post relacionados con el tema (quizás le sirvan a Artikbot, pero, no estoy seguro):
Re: No puedo abrir mis archivos cifrados!!! Ayuda (respuesta de el-brujo).