Le hiciste el scan a la página o al servidor? Qué es lo que quieres, "chequear" un sistema de administración online (o similares) o el servidor web?
Es que se utilizan técnicas distintas.
Si quieres "chequear" el servidor, utiliza varios scanners, y así eliminas falsos positivos y falsos negativos. Si te detecta vulnerabilidades, busca a ver si hay exploit, no tiene por qué haber, y si hubiera exploit pues intenta aplicarlo, que no siempre funciona.
Ya te digo que no es nada fácil entrar en un sistema con bugs, imagínate sin ellos.
Además, menos mal que el servidor en cuestión es tuyo

, porque si fuera de otro, y te pasas un mes "golpeándole" la puerta con un martillo a lo "brutus", lo más seguro es que los de dentro te oigan, y avisen a la poli

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