creo que es esto:
------------si introduces un script en un directorio  como '. / ' falla cuando IIS es configurado con un sitio virtual con el módulo ISAPI.

¡Esto trabaja bien con la instalación cgi!

Reproduce el código:
---------------¿---D:\wwwroot\a.php---<? php sistema ('cd');
incluya ('./b.php ');
?>------------------------
---D:\wwwroot\b.php---PRUEBA------------------------
==> http: // localhost/a.php
Resultado esperado:
----------------Con una instalación cgi:
D:\wwwroot PRUEBA

Resultado real:
--------------Con la instalación ISAPI:
C:\WINNT\system32 Advertencia: main (./b.php): fallo al abrir stream: no se encuentra el directorio en D:\wwwroot\a.php sobre línea 3
Advertencia: main (): fallo al abrir './b.php ' para inclusión (include_path = '.; c:\php\includes; c:\php\pear; c:\php; c:\php\font ') en D:\wwwroot\a.php sobre línea 3

espero que eso sea lo que buscabas xD