Pero... Si modificas el ejecutable y está firmado digitalmente, el EXE ya no es confiable (como dijo EthernalIdol)

Lo mejor en esos casos es hacer un loader, el cual cargue el EXE original y luego lo modifique en memoria.

Dependiendo del EXE, incluso, en vez de hacer un Loader, puedes hasta hacer un Loader-Debugger 

Saludos!