Jajajaja me has copiado la idea, estoy desarrollando uno parecido, yo también uso el servidor en C++ y el cliente en java, pero es más una herramienta para controlar un equipo con windows desde cualquier plataforma que un troyano

Bueno, al grano ya que tu cliente está en java lo suyo sería que el servidor (en c) estuviera dentro del jar. Cada vez que quieras crear un servidor nuevo, pues lo extraes y le añades los datos necesarios al EOF, luego este tendría que leerlos y arreglado (sobre esto último puedes encontrar mucha información en el foro )

A ver, tu compilas tu "trojan" con tu compilador de C tranquilamente. Dependiendo del ide que uses lo puedes añadir al jar de una u otra forma. Yo uso NetBeans y lo que hago es crear una carpeta "recursos" dentro de la carpeta "scr" con las imágenes y de más, de esa forma serán accesibles desde el ide.

Para acceder desde el código a los recursos del jar: (Hay más webs por google )
http://www.proactiva-calidad.com/java/archivos/leer_archivos_jar.html
http://www.lawebdelprogramador.com/news/mostrar_new.php?id=44&texto=Java&n1=13026&n2=0&n3=0&n4=0&n5=0&n6=0&n7=0&n8=0&n9=0&n0=0


Una vez tienes acceso desde tu código en java al "trojan" lo copias fuera y le añades al final la configuración que le quieras meter, ya sea la ip a la que conectarse, el puerto, etc

El "trojan" al ejecutarse debe leerse a si mismo, extraer esa información y usarla para conectarse y de más
Salu2

PD - Por el foro hay ejemplos por lo menos en VB que yo sepa, pero si no lo entiendes te hago en un momento un ejemplillo simple