Un troyano al instalarse, lo que hace es copiarse a otro directorio donde sea mas dificil encontralo, esta copia es la que hace el trabajo y no la que ejecutaste al principio.
Si esta copia es borraba, el troyano dejara de estar funcionando, a la instalacion los troyanos tienen diversos metodos para evitar ser borrados, algunos teniendo mas de un proceso trabajando, de modo que si se mata uno automaticamente lo activa el gemelo, pero si el troyano es detectado, lo mas probable es que los que lo detectaron se hayan percatado de la tecnica de subsistencia que utiliza tal troyano y no deje que el mismo sobreviva a la limpieza.
Sinceramente, no es por mesquindad ni nada por el estilo, no puedo ayudarte a hacer un troyano indetectable, esta rama es todo una ciencia y metodos hay miles y deben tenerse muchos conceptos previos para que alguien pueda darte una mano...
En mi caso particular los manuales de esta sección me ayudaron mucho, no te voy a negar que me dio tremenda flojera leerlos e interpretarlos, pero bueno, pensa que solo se hace una sola vez y luego ya es automatico...
Sabes que ayudo en lo que puedo siempre y cuando se trate de dudas concretas y de no muy extendida explicacion, pero como te mencionaba, para los antivirus hay demasiada informacion y se podria vender como curso a distancia por lo extenso que es el tema.
Un saludo y solo me queda desearte mucha suerte y que no bajes los brazos nunca
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