Buenas, bueno al fin he decidido meterme de lleno a aprender el formato PE y tenia pensado agrandar  la sección de código par aintroducir un pequeño opcode con un msgbox y tal una chorradilla pero para ensayar no me parece mal  .
El problema viene cuando no puedo detectar el ISH bien de todas las secciones, solo lo detecta bien de la primera, el código que he creado es este:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <windows.h>
 
int main()
{
	IMAGE_DOS_HEADER idh;
	IMAGE_FILE_HEADER ifh;
	IMAGE_OPTIONAL_HEADER ioh;
	IMAGE_SECTION_HEADER ish;
 
	char ruta[] = "C:\\MS-DOC.exe";
 
	FILE * archivo = fopen(ruta,"r+b");
	if (archivo == NULL)
	{ // si no podemos abrri el archivo.
		printf("Error al abrir el archivo\n");
		system("PAUSE");
 
		return 1;
	}
 
	fread(&idh,0x40,1,archivo); // rellenamos IMAGE_DOS_HEADER
	if (idh.e_magic != IMAGE_DOS_SIGNATURE)
	{ // comprovamos el e_magic para saber si es un EXE
		printf("No es un archivo EXE\n");
		system("PAUSE");
 
		return 1;
	}
 
	fseek(archivo,idh.e_lfanew + 4,SEEK_SET);
	fread(&ifh,0x14,1,archivo); // rellenamos IMAGE_FILE_HEADER
	fseek(archivo, idh.e_lfanew + 4 + sizeof(ifh), SEEK_SET);
	fread(&ioh,ifh.SizeOfOptionalHeader,1,archivo); // Leemos IMAGE_OPTIONAL_HEADER
 
	int suma = 0;
 
	for (int i=0;i<ifh.NumberOfSections;i++)
	{
		fseek(archivo, idh.e_lfanew + 4 + sizeof(ifh) + ifh.SizeOfOptionalHeader + (sizeof(ish)*(ifh.NumberOfSections-1)) + suma ,SEEK_SET);
		fread(&ish, sizeof(ish),1,archivo); // rellenamos IMAGE_SECTION_HEADER
 
		printf("%x\n",(&ish)[i].Misc.PhysicalAddress);
 
		suma += 0x28; // sumo 0x28 que es lo que ocupa ish para pasar a los datos de la siguiente sección.
	}
 
	fclose(archivo);
 
	system("PAUSE");
 
	return 0;
}

Nose que andará mal por ahi si me peuden hechar una mano sería de gran ayuda

un saludo.

yo opino como The swash.

ademas, el fseek y suma sobra ya que fread avanza lo el numero de bytes que lee. 2 llamadas consecutivas de fread no leeran los mismos datos.

Saludos

Ya lo e conseguido, muchas gracias a todos...
El código arreglado es el siguiente:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <windows.h>
 
int main()
{
	IMAGE_DOS_HEADER idh;
	IMAGE_FILE_HEADER ifh;
	IMAGE_OPTIONAL_HEADER ioh;
	IMAGE_SECTION_HEADER ish;
 
	char ruta[] = "C:\\MS-DOC.exe";
 
	FILE * archivo = fopen(ruta,"r+b");
	if (archivo == NULL)
	{ // si no podemos abrri el archivo.
		printf("Error al abrir el archivo\n");
		system("PAUSE");
 
		return 1;
	}
 
	fread(&idh,0x40,1,archivo); // rellenamos IMAGE_DOS_HEADER
	if (idh.e_magic != IMAGE_DOS_SIGNATURE)
	{ // comprovamos el e_magic para saber si es un EXE
		printf("No es un archivo EXE\n");
		system("PAUSE");
 
		return 1;
	}
 
	fseek(archivo,idh.e_lfanew + 4,SEEK_SET);
	fread(&ifh,0x14,1,archivo); // rellenamos IMAGE_FILE_HEADER
	fseek(archivo, idh.e_lfanew + 4 + sizeof(ifh), SEEK_SET);
	fread(&ioh,ifh.SizeOfOptionalHeader,1,archivo); // Leemos IMAGE_OPTIONAL_HEADER
 
	for (int i=0;i<ifh.NumberOfSections;i++)
	{
		fread(&ish, sizeof(ish),1,archivo);
		printf("%x\n",ish.Misc.PhysicalAddress);
	}
 
	fclose(archivo);
 
	system("PAUSE");
 
	return 0;
}

saludos.

Cierto pero bueno yo ya lo hice asi